相對於「宿命論」的無力，「自由意志論」完全相反，命運的發展完全取決於個人的意志。只要自身的意志足夠強大，所有事情都會按著自身的意願而發展。
自由意志是否存在?
宗教界的爭論
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| 宗教改革家-- 馬丁路德 |
有關自由意志的討論已經十分悠久。歐洲文藝復興時期，人文主義修士伊拉斯謨與「上帝決定論」修士馬丁路德曾經出現過這樣的辯論。
馬丁路德說：「人性本惡，從而不可避免去做壞事。因此，只有虔誠地依靠上帝才能得到救贖。而自由意志對人類毫無意義，只有上帝才擁有。」
伊拉斯謨反駁道：「人是有自由意志的，否則上帝對人類的獎懲就不公正。人們根據自己的意志選擇，而上帝根據這個選擇作出獎懲。」
思想界的爭論
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| 心理學家弗洛依德 |
１７世紀的笛卡兒以「我思故我在」論述「自由意志」的存在。可是１９世紀的心理學家弗洛依德却認為「自由意志」只是幻覺。他指出，人無法全然意識到自我，且行為與意識層次所思，關係極微。潛意識才是主宰人類行為的根源。
科學界的爭論
近代的神經科學更是認為意志只是大腦無意識的神經活動。
神經生理學家利貝特（Benjamin Libet）在1980年代於美國加州大學聖地牙哥分校做了一連串研究。結果發現大約在受試者動手之前的1/2秒，就可以偵測到名為「準備電位」（readiness potential）的電訊號活動；在受試者察覺到自己的意圖之前，大腦就已經做出決定。從本質上來說，無意識的大腦活動才是真正的決策者。 
同樣地，德國柏林柏恩斯坦計算神經科學中心的海恩斯（John-Dylan Haynes）與同事在2013年發表了一項研究，他們要求受試者自行決定要把兩個數字相加或相減。他們以功能性磁共振造影（fMRI）為研究工具，發現在受試者察覺到自己做出決定的四秒前，透過神經活動的反應模式就可預測他們即將選擇加法或減法（四秒的時間差距算是相當久）。科學界對自由意志的否定
隨著一項項的科學研究出爐，海恩斯在《新科學家》雜誌評論道：「在意識介入之前，我們的選擇早就已經在無意識中被決定了。大腦似乎比人們更早做出決定。」
其他人也有類似的看法，例如，演化生物學家柯尼（Jerry Coyne）認為：「我們所有的選擇都不是出自於自身有意識的自由決定。我們無法自主決策，也沒有自由意志。」神經科學家哈里斯（Sam Harris）也做出結論，認為我們只是「生化傀儡」。
科學人雜誌的分析
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２０１５年，納米亞茲（Eddy Nahmias）在《科學人雜誌》中曾經探討過「自由意志」的問題。文中提到那些認為「自由意志」只是幻覺的人應該稱為「意幻主義者」（willusionists）。他指出目前的神經科學技術尚未成熟，想像和判斷時的神經活動是否影響到數分鐘，數小時或數天後的某個選擇仍不明確。相反，意幻主義者口中的研究甚至未能厘清有意識行為和無意識行為之間的界限。
他指出利貝特的研究並不否定有意識行動。在利貝特的研究中，實驗員全程觀察受試者的活動，並記錄受試者從準備到做出一連串重複且未經計劃的動作的過程。實驗開始後，當受試者在腦中浮現出一個新的想法時，就彎曲自己的手腕作為响應。由此可見，有意識的計劃所涉及的神經活動或多或少會影響無意識驅動的後續動作。這說明有意識和無意識兩種大腦活動之間存在交互作用。在海恩斯的研究中，受試者意識到自己的決定前４秒大腦就己經產生了與決定相關的腦活動。這也只能說明這些腦活動可能反映了一種尚未被意識到的選擇偏向。
納米亞茲認為無論是利貝特或海恩斯的研究都只著眼於不需要深思熟慮的選擇行為。他認為在現實生活中，每人身上都存在著重複或慣性行為，有時學習和訓練可以使人不假思索地完成非常複雜的行為，如打字，彈奏貝多芬的《月光奏鳴曲》等等。因此，無意識活動並不等同於自由意志的活動。
他提到大腦不可能提前４秒就決定好我們的行為。假如應變過程不能在很短的時間內進行的話，我們或許早就命喪車禍！他主張無意識的神經活動的作用在於可以在車禍來臨時提醒我們，使我們有意識地監控並調整自己的行為，以便作出快速反應的準備。
心理學界對自由意志的肯定
然而意幻主義並不是科學界的唯一聲意，支持「自由意志」存在的專家也紛紛進行自己的實驗，對那些意幻主義者作出反駁。
紐約大學心理學家彼得．戈爾維策（Peter Gollwitzer）團隊研究表明，人們在減肥過程中，如果能有意識地忽略被食物誘惑的念頭，他們的食物攝取量就會明顯少於僅簡單設定減肥目標的人群。
佛羅里達州立大學心理學家羅伊（Roy F.
Baumeister）團隊證明，有意識地推理能夠提高邏輯和語言測試的成績，並且有助於從過去的錯誤中吸取教訓和抑制衝動行為。
納米亞茲也認為意幻主義者的「思」不作用於「行」理論是種不合理機制。因為僅占體重２％的大腦消耗了體內２０％的能量。巨大的進化壓力絕不容許有意識思維占用神經系統的進程，却做著與行為無關的運算。
事實上，我認為無論是意幻主義者，納米亞茲或自由意志主義者的論述都發掘了真理的一部份。或許三者都過於專注於自身的學術領域而忽略了其他意識存在形式的可能。這是專家們時常出現的問題－「心理定式」現象。
爭論的答案
心理學先軀弗洛依德曾經對人類的心靈進行過大量的研究和探討。他主張人的意識並非獨立一體，而是分成不同的部份。其分類可為意識層面和潛意識層面兩大層。「本我」和「超我」屬於潛意識層面。「自我」即在意識層面。
弗洛依德認為「本我」代表最原始程序的思緒，滿足需要的思緒。「超我」是良心，以道德和倫理限制「本我」。而「自我」即界乎於原始需求和道德信念之間。健康的「自我」具適應能力，平衡緩衝「本我」和「超我」的衝突，並與外在世界互動。三個系統錯綜複雜，相互作用，從而產生各種思想和行為。「本我」要求滿足慾望，「超我」即要求壓抑慾望，「自我」即平衡兩者，依現實情況，採取適當措施。
弗洛依德的分層式意識形態正好提供了一個引子，解釋幻意主義者和自由意志主義者所觀察到的不同事實。幻意主義者的大腦無意識活動是潛意識層的活動，而自由意志主義者的有意識活動即是意識層面的活動。
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